厦门商会组织始建于1904年。
厦门市工商联于1950年筹备，通过接收旧商会、整组各同业商会，于1953年1月建立，为中国工商业联合会的地方组织，厦门市政协组成界别之一。为适应对外开放需要，1988年，厦门市工商联经批准加挂“厦门市商会”牌子。1990年又将“厦门市商会”改为“厦门总商会”。作为厦门工商界的具有统战性质的人民团体和多种商会职能的民间商会，厦门市工商联（总商会）发扬“爱国、敬业、诚信、守法”的传统，在各个历史时期为厦门的经济发展和社会进步发挥积极作用。至今已历十届。
根据党中央关于新时期工商联职能调整的精神，1991年以来，厦门市工商联（总商会）将工作重点放在非公有经济上，成为党和政府联系非公有制经济人士的桥梁和纽带，政府管理非公有制经济的助手。目前，下属同安、集美、思明、湖里、翔安、海沧6个区工商联（商会），纺织服装、塑料橡胶、百货、美发美容、养猪、果品、女民营企业家协会7个法人社团，以及老会员工作委员会、大嶝对台小额商品交易市场商会、电脑公会、橱柜公会、温州商会、江西商会、宁德商会、惠安商会、新罗商会等9个直属组织。厦门电子信息产业商会、青年企业家协会、外商投资企业协会、台商投资企业协会、内联企业协会、私营企业协会也作为团体会员加入。目前，共计会员4009个，其中企业会员达3118个。